Las líneas de investigación ejecutadas a través de proyectos CAI+d y de otras fuentes financiadoras están orientadas al conocimiento de la biodiversidad de los ambientes acuáticos continentales, principalmente regionales, a nivel de rotíferos, micro y macrocrustáceos. Tienden a generar información sobre la riqueza de invertebrados, principalmente microscópicos, que es una de las más subestimadas a nivel global. Incluyen también aspectos taxonómicos y biogeográficos de los grupos zoológicos considerados. Otra de las líneas de trabajo es la de ecología del zooplancton y de la comunidad de macrocrustáceos de ríos y lagunas del sistema del Paraná medio y los factores ambientales y biológicos que controlan las poblaciones.